Ve sbírkovém fondu muzea jsou uloženy doklady o trvalém osídlení území dnešního Kojetína i z doby paleolitu, ukázky lidového umění, kroje, lidová keramika, bohatá numismatická sbírka, obsáhlá je sbírka starých tisků, řemeslnického nářadí, historických zbraní, uměleckých děl a mnoho dalšího.
